Physique 2
PC
4 heures Calculatrice autorisée
2021
Détection de molécules individuelles
à température ambiante
Une molécule fluorescente peut être utilisée comme une sonde locale, à
l'échelle nanométrique, de son environ-
nement. Des techniques comme la microscopie confocale, la microscopie
biphotonique permettent la détection,
avec un bon rapport signal sur bruit, de la fluorescence émise par une molécule
individuelle appelée fluorophore.
Il est ainsi possible d'accéder à une information non moyennée spatialement.
L'évolution temporelle du signal
permet alors de suivre la dynamique de la molécule étudiée, aussi bien la
dynamique interne que les interactions
de la molécule avec son environnement.
L'objet de ce sujet est de comprendre comment détecter de façon satisfaisante
le signal de fluorescence émis par
une seule molécule (partie I), comment exalter le signal (« Raman ») diffusé
par une molécule en interaction
avec une nanoparticule métallique (partie IT). La partie IT aborde l'analyse du
signal de fluorescence émis par
une molécule.
Les fluorophores sont des molécules qui absorbent la lumière dans un certain
domaine spectral et réémettent de la
lumière par désexcitation radiative dans un autre domaine. Les fluorophores
étudiés sont insérés dans un substrat,
qui peut être par exemple un polymère ou une matrice dite sol-gel, ou sont
simplement des solutés dans un
solvant. Le fluorophore est choisi pour être un bon chromophore, c'est-à dire
pour absorber fortement la lumière,
et sera caractérisé par un fort coefficient d'extinction molaire à la longueur
d'onde du maximum d'absorption
Emax © 1 X 10° mol !-L.cm ! (par comparaison EUR & 2 x 10% mol !-L:em ! pour
les ions permanganate en
solution aqueuse).
max
Le signal de fluorescence S, émis par une seule molécule dépend de son taux de
fluorescence R;, de l'ordre
de 1 x 10$ photons:s ! dans des conditions favorables. Le microscope est, lui,
caractérisé par son efficacité de
détection globale des photons (système optique plus détecteur) 7,, dont un
ordre de grandeur satisfaisant est
de 2%. Pour obtenir un bon rapport signal sur bruit, il faut exciter
convenablement les chromophores, collecter
avec une bonne efficacité de détection le signal émis S; et éliminer de façon
importante le signal parasite S;
issu du très grand nombre de molécules du substrat qui seront illuminées en
même temps que le chromophore.
Des données et relations utiles sont disponibles en fin d'énoncé.
I Détection du signal de fluorescence de molécules individuelles à
température ambiante
Les éléments essentiels du microscope sont : la source de lumière constituée
par un faisceau laser adapté, l'objectif
de microscope permettant à la fois d'exciter les fluorophores et de collecter
la lumière émise, la lame séparatrice
ou miroir dichroïque (voir plus loin le sens de ce terme) permettant la
séparation entre lumière de fluorescence
et lumière diffuse, et un photodétecteur utilisé en mode « comptage de photons
» produisant un signal exprimé
en nombre de coups.
T.A -- Objectif de microscope et microscopie classique
L'objectif de microscope est un dispositif optique complexe constitué de
plusieurs lentilles optiques. Dans cette
sous-partie, on considère un objectif x40 utilisé dans un microscope classique,
donnant d'un objet microscopique
une image réelle agrandie renversée ; le grandissement transversal + vaut donc
y = --40,0. On modélise l'objectif
par une lentille mince convergente, d'axe optique (O0, 2) et de centre O..
La figure 1 montre une photographie de cet objectif avec les indications « 40 »
pour le grandissement, « 0.65 »
pour l'ouverture numérique (ON), « 160 » (mm) pour la longueur de tube À,
définie ci-après, et « 0.17 » (mm)
pour la lamelle couvre-objet. Le plan de front P en avant de la monture de
l'objectif est tel que la distance O, P
est égale à 3,5 mm.
En notant a le demi-angle d'ouverture, c'est-à-dire l'angle entre l'axe optique
et le rayon le plus écarté de
l'axe optique qui entre dans l'objectif, l'ouverture numérique est définie par
ON = nsin «, où n est l'indice de
réfraction du milieu dans lequel plonge l'objectif (n = 1,00 pour l'air).
On utilise cet objectif et un oculaire de distance focale f, -- 20 mm dans un
microscope classique. L'objectif et
l'oculaire sont maintenus solidaires par le tube du microscope qui impose la
distance F/F, entre le foyer image
de l'objectif et le foyer objet de l'oculaire. Cette distance À est appelée
intervalle optique du microscope ou
longueur de tube. Le microscope est utilisé de telle façon que l'oeil n'ait pas
besoin d'accommoder.
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LL
Plan de front
Plan de l'échantillon
ZN ZN
Plan de front et distance frontale w = PA Dans l'air ON = sin a
Figure 1 Objectif de microscope x40
Par souci de simplicité, pour les calculs, on se placera dans les conditions de
Gauss, même si elles sont mal
vérifiées en pratique. Un schéma optique du microscope est représenté sur la
figure À du document réponse.
Q 1. Où doit se former l'image intermédiaire donnée par l'objectif, pour une
observation sans accommoda-
tion à travers l'oculaire, de l'image finale ?
Q 2. Sur le schéma de la figure À du document réponse, réaliser la construction
géométrique de l'image de
l'objet AB par l'ensemble du microscope.
Q 3. Déterminer puis calculer la distance focale équivalente f! de la lentille
modélisant l'objectif.
Q 4. Déterminer puis calculer la distance frontale w (distance de travail),
c'est-à-dire la distance PA sépa-
rant la lame porte-échantillon et le plan de front de l'objectif x40. Expliquer
pourquoi certains objectifs de fort
grandissement sont équipés d'un système à ressort qui évite la détérioration de
la lentille frontale.
On considère que l'oeil est capable d'accommoder pour avoir une vision nette
d'un objet situé à une distance
minimale d,, = 25 cm. L'oeil est positionné dans le plan focal image de
l'oculaire.
Q 5. Calculez la latitude de mise au point du microscope pour cet objectif,
c'est-à-dire la distance dont on
peut déplacer l'objectif par rapport à l'objet en conservant une vision nette.
De quel système doit être équipé
le tube du microscope ?
I.B --- Microscope de fluorescence utilisé en configuration confocale pour la
réjection du bruit
de fond
Le microscope classique est modifié de la façon suivante : on supprime
l'oculaire et on positionne un capteur
dans le plan de l'image intermédiaire donnée par l'objectif, en le centrant sur
l'axe optique. Pour réaliser un
« microscope confocal », on introduit également un diaphragme de petite taille
(par exemple 10 pm), lui aussi
centré sur l'axe optique, dans le plan du capteur. De cette façon l'ensemble
(capteur + diaphragme) permet de
réaliser un détecteur quasi-ponctuel.
Q 6. Sur le schéma de la figure B du document réponse, tracer le faisceau de
lumière émis par le point B
situé dans le plan de l'échantillon mais hors de l'axe optique.
Q 7. Sur le schéma de la figure C, tracer le faisceau de lumière émis par le
point C situé sur l'axe optique
mais hors du plan de l'échantillon.
Q 8. À quoi sert l'introduction d'un trou de petite taille dans le plan du
photodétecteur ?
Q 9. Justifier la nécessité d'un système de balayage (translation de
l'échantillon dans son plan) pour réaliser
une image de fluorescence.
La figure 2 présente le schéma de principe du microscope confocal de
fluorescence utilisé pour la détection de
molécules individuelles.
Miroir dichroïque Diaphragme
NX
Y
Photodétecteur
Y N Y
À Lentille
Plan de achromatique
l'échantillon Laser
Figure 2 Schéma de principe du microscope confocal
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La figure 3 montre des images de fluorescence obtenues avec ce dispositif. Il
convient de remarquer que ces images
sont le résultat d'un balayage, chaque pixel est associé à une position de
l'échantillon et l'énergie lumineuse
détectée à cette position, pendant le temps d'exposition choisi, est codée en
niveau de gris.
a (25 pm x 25 pm) b (10 pm X 10 pm)
256 F4
- f A
S
o 128- \
D ) \
PO
O0 ENT; a à et 3
O0 04 08 12 16 2 um
c (2 yum x 2 yum)
Figure 3 Images de fluorescence de molécules individuelles (256 x 256 pixels),
zooms
successifs sur une même zone de l'échantillon (images a, b et c) et profil du
nombre
de coups détectés sur une ligne de l'image c passant par le centre de la tache
image
I.C --- Séparation de la lumière de fluorescence de la lumière diffuse
Les fluorophores sont des molécules qui absorbent la lumière dans un certain
domaine spectral (excitation)
et réémettent de la lumière (désexcitation radiative). La figure 4 donne un
premier schéma très simplifié des
niveaux d'énergie dans une molécule organique fluorescente.
À
niveau excité
| Excitation
| y . . . .
| Désexcitation non radiative
Y
Energie
532 nm
À
|Désexcitation radiative
niveau fondamental
Figure 4 Schéma simplifié des niveaux d'énergie dans une molécule fluorescente
Q 10. D'après le schéma de la figure 4 comparer la longueur d'onde du signal de
fluorescence résultant de la
désexcitation radiative à celle du laser excitateur (À = 532 nm).
CETTE
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77 + +
plan pour la lumière laser. On parle de miroir dichroïque.
Q 11. Expliquer le rôle de la lame semi-réfléchissante et donner l'allure que
doit avoir la courbe du coefficient
de transmission du miroir en fonction de la longueur d'onde T'(À).
I.D --- Emission de la lumière de fluorescence par un fluorophore
Afin d'estimer de façon simple le rendement de fluorescence, on adopte une
modélisation simplifiée qui néglige
le décalage de longueur d'onde entre le laser excitateur et le signal de
fluorescence. On considère alors que la
molécule peut accéder à trois niveaux d'énergie schématiquement représentés sur
la figure 5.
On note k, le taux d'excitation du niveau 1 (niveau fondamental) au niveau 2
(niveau excité), k, et k,.. les
taux de désexcitation radiative et non radiative du niveau 2 vers le niveau 1
et k- le taux de désexcitation du
niveau 3 (appelé niveau triplet) vers le niveau 1. Il existe, à partir du
niveau 2, une possibilité pour la molécule
de passer dans le niveau 3 avec un taux k,... (« inter-system crossing »).
niveau 2 *
\
| \
\
|
| \ Rise
| \
\ . 3
| --{-------- niveau
k, k, | kr 2
| /
| ,"
/ kr
| ,
| /
| /
: y »
niveau Îl
Figure 5 Description des niveaux d'énergie du fluorophore par un système à 3
niveaux
On note P,, P, et P,, les probabilités d'occupation de chaque niveau. Les
probabilités P, et PF; obéissent aux
équations différentielles
dP
PT = --kP, +(k,+k,,)P:; + krPs,
dP,
© --=k,..P, -- krP:.
dt 18C* 2 T° 3
Q 12. Déterminer l'équation vérifiée par de en fonction des taux définis
précédemment et des probabilités
d'occupation des niveaux d'énergie. Les équations du système sont-elles
linéairement indépendantes ?
On suppose que le système est fermé, c'est-à-dire que les seuls niveaux
accessibles sont les niveaux 1, 2, et 3.
Cela permet d'écrire une relation supplémentaire entre les probabilités P,, P,
et P2.
Q 13. Écrire cette relation entre les probabilités P,, P, et P..
En réalité la molécule n'est pas toujours photostable. La fluorescence peut
s'arrêter brutalement et définitivement
après que la molécule ait été excitée un trop grand nombre de fois. Le système
réel n'est donc pas fermé.
Q 14. Comment peut-on observer ce phénomène sur l'image b de la figure 3 ?
Q 15. Déterminer la solution stationnaire F,, pour la probabilité d'occupation
du niveau 2 en fonction de
L.
k.,k,.,k.. k. et K = 1+--% dans le cas d'un système fermé.
T
Le taux de fluorescence en régime stationnaire s'écrit À; = k,P3..
nr?
Q 16. En déduire qu'il existe un taux limite de fluorescence, noté RÀ% quand le
taux d'excitation k, devient
très grand devant les taux de désexcitation k,., k,,. et k,... Justifier
qualitativement l'existence d'un taux limite.
Q 17. Expliquer pourquoi alors il n'est pas souhaitable d'exciter trop
fortement l'échantillon.
Q 18. Calculer la valeur numérique de Re dans le cas d'un « bon » chromophore
où K = 10 avec une durée
de vie radiative 7, = 1/k,. = 5ns.
On définit le taux d'excitation à saturation k° par À FK) -- 5RT et /,
l'intensité à saturation du faisceau laser,
correspondant à ce taux d'excitation.
1 k
Q 19. Montrer que le taux d'excitation à saturation k° s'écrit k° -- SK
Expliciter ©; appelé rendement
J
quantique de fluorescence en fonction k,., k,., et k;... Réexprimer alors Ry en
fonction ©; et k?.
1, EUR
+ où
hr N 1
est la fréquence de l'onde laser, À la constante de Planck, NV, la constante
d'Avogadro et £,,, le coefficient
d'extinction molaire.
L'intensité laser à saturation /, et le taux d''excitation à saturation k° sont
reliées par k° --
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Q 20. Quelle est la dimension de o = EUR,,,,/N 1 ? Quel sens concret peut-on
donner à la grandeur o ? Pour
les molécules considérées, on a EUR,,,, & 1 X 10° mol !-L:cm !. Commenter
l'ordre de grandeur de 0.
Q 21. Déterminer numériquement, en kW:cm * l'intensité à saturation 1, pour À =
532nm la longueur d'onde
du laser utilisé, 0; & 1, K = 10,7, -- 1/k, = 5nset EUR, & 1 x 10° mol l:L:em
!. Commenter sachant qu'un
laser de type He-Ne tel que ceux utilisés en travaux pratiques émet, en ordre
de grandeur, une puissance de
1 mW.
IE -- Excitation laser
Phénoménologiquement, pour des objectifs de grande ouverture numérique, dont le
diaphragme d'entrée est
légèrement sur-illuminé, une bonne description du faisceau laser d'axe Oz
(origine O au point de focalisation)
est donnée par une fonction gaussienne-gaussienne en fonction des coordonnées
cylindriques r et 2
22 r2
Î(r,2) = 1,exp (25) EXP (25)
Z r
À À
Où W,. = 0,5-- et w, -- DE sont des grandeurs dépendant de la longueur d'onde
et de l'ouverture
sin -- COS
numérique ON -- sin 6.
Q 22. En considérant la molécule fluorescente comme un émetteur ponctuel,
évaluer l'ouverture numérique
de l'objectif utilisé pour réaliser les images de la figure 3 avec la longueur
d'onde laser À = 532 nm. Pourquoi
est-il important d'utiliser un objectif d'ouverture numérique élevée ?
Q 23. Déterminer un ordre de grandeur de la puissance du faisceau laser
incident pour obtenir un taux
d'excitation à saturation.
Q 24. Déterminer un ordre de grandeur du volume excité en fonction de w,. et
w,. Calculer numériquement
cet ordre de grandeur.
Pour réaliser un échantillon permettant la détection individuelle de molécules
fluorescentes, on réalise un dépôt
d'une solution de molécules fluorescentes solvatées, sur une lame
porte-échantillon. Le dépôt est réalisé sur un
plateau tournant à haute vitesse pour produire des films de 100 nm d'épaisseur.
Q 25. Quel doit être l'ordre de grandeur de la concentration de la solution de
molécules fluorescentes pour
pouvoir produire des images telles que celles représentées en figure 3 ?
IF --- Rapport signal sur bruit
Le signal étudié est le nombre de photons détectés (ou nombre de « coups »).
Q 26. Exprimer le signal de fluorescence détecté S ; provenant d'un seul
fluorophore en fonction de l'efficacité
de détection, du taux de fluorescence À; et de la durée d'acquisition 7,,.
Q 27. Les images de fluorescence ont été obtenues avec un taux d'excitation k,
-- 0,1k° afin de préserver la
photo-stabilité de la molécule. Quelle durée 7, est nécessaire pour obtenir
l'image b de la figure 3 ? Le temps de
déplacement de l'échantillon sera négligé.
Le signal diffusé par l'ensemble des molécules contenues dans le volume sondé V
en fonction de la densité
volumique de molécules de la matrice n s'écrit en fonction de l'efficacité de
détection, de l'intensité laser L,, de
LT.
la durée d'acquisition 7,, Sa = npoanV mn où ©, est une constante appelée
section efficace de diffusion. Le
V
bruit généré B est égal à la racine carrée du nombre total de coups détectés S
= S; + 54.
Q 28. Exprimer le rapport signal sur bruit $; /B en fonction des grandeurs du
problème.
Q 29. Expliquer pourquoi le diaphragme permet d'améliorer le rapport signal sur
bruit de l'image.
IT Analyse de la lumière de fluorescence
On s'intéresse à la détection de chromophores fluorescents (4 pérylène orange
») dans un film sol-gel d'épaisseur
50 à 100 nm. La matrice sol-gel dont est constitué le film a une structure
poreuse, comprenant une matrice en
silice avec des cavités (pores), le plus souvent remplies de solvant et des
interconnexions étroites entre pores.
La figure 6 montre le suivi du déplacement d'une molécule de chromophore dans
lequel les positions successives
de la molécule, représentées par des croix, ont été pointées à intervalles de
temps réguliers. On cherche à rendre
compte du déplacement par un processus diffusif modélisé par une marche au
hasard. Par simplicité, on raisonne
sur un problème à une dimension, suivant un axe (Ox). La molécule À,
initialement en ©, fait des sauts entre
des sites fixes d'abscisses x,, = na (positions À,) distants de a. La durée de
chaque saut est notée 7. Les deux
sens de déplacement à chaque saut sont équiprobables.
Q 30. Relier la probabilité p(x,,,t,,) pour la particule d'être à l'abscisse
x,, à la date t,, = nT aux probabilités
P(tn_1 tn_1) et P(tn+1 tn-1)-
Q 31. En passant à une probabilité continue p(x,t) définie en tout point et à
tout instant, montrer qu'on
0
peut écrire : p(x,,,t,) & p(x,,t, 1) + DT
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; MSD
(px?) 50
À
Ü
5 10
At (/305)
d
X(px)
Figure 6 Suivi temporel du déplacement d'une molécule fluorescente dans une
matrice sol-gel
Q 32. Relier par un développement limité au second ordre p(x,,_1,tn_1) et
P(tuii:tn 1) à P(Tpitn 1)
Q 33. Montrer alors que p{x,t) vérifie une équation de diffusion.
Q 34. Déterminer le coefficient de diffusion D.
Q 35. Exprimer (OA). la moyenne statistique sur un grand nombre de
configurations de la quantité vecto-
rielle OA après N sauts. Commenter.
Q 36. Montrer que le déplacement quadratique moyen A° (noté MSD sur la figure
6), A = (|OA% nl? ). est
proportionnel à la durée At correspondant à N sauts.
À deux dimensions on admet que le coefficient de proportionnalité est multiplié
par deux. Sur le schéma de la
figure 6, est tracé la modélisation de A? en fonction de la durée At.
Q 37. Sur la molécule suivie en figure 6, une modélisation linéaire de A° en
fonction de At donne pour le
coefficient directeur 8 = 4 x 107! STI. En déduire la valeur du coefficient de
diffusion avec son unité.
III Exaltation du signal par un substrat métallique présentant une
rugosité
Dans cette partie, le signal détecté n'est pas un signal de fluorescence mais
un autre signal appelé « diffusion
Raman », qu'on détecte avec un dispositif optique proche de celui de la partie
[. Ceci n'a pas de conséquence
sur ce qui est étudié dans cette partie. Dans la diffusion Raman, le champ
électrique associé à l'onde lumineuse
incidente induit une polarisation des molécules, qui deviennent alors sources
d'une onde électromagnétique dite
onde diffusée.
Le substrat présente des agrégats de nanoparticules métalliques sur lesquels
des molécules se sont fixées (phé-
nomène d'adsorption). Les concentrations utilisées sont telles que
statistiquement il y a au plus une molécule
adsorbée par agrégat. On constate expérimentalement que certains de ces
agrégats permettent d'amplifier le
signal Raman diffusé par la molécule de plusieurs ordres de grandeurs et sont
pour cette raison appelés « points
chauds » du substrat.
Deux contributions possibles à cette amplification sont étudiées dans cette
partie :
-- l'effet d'antenne lié à l'adsorption d'une molécule par une nanoparticule de
dimensions nanométriques ;
-- un effet lié à l'excitation collective des électrons de surface (phénomène
de « plasmon de surface localisé »).
Point chaud
Figure 7 Substrat métallique présentant une rugosité sur lequel sont adsorbées
des molécules
TITI. À -- Dipôle induit dans une nanoparticule métallique sphérique de taille
10 nm
L'adsorption de la molécule entraine une polarisabilité de la nanoparticule sur
laquelle ell est adsorbée. Aïnsi,
sous l'action du champ électrique de l'onde laser, la nanoparticule acquiert un
dipôle induit D, -- @1EUR0E et la
molécule p -- QE0E. Le champ électrique Æ est considéré comme uniforme à
l'échelle étudiée. On admet que
l'amplitude du champ de l'onde diffusée est une fonction croissante de
l'amplitude du dipôle induit dans l'entité
microscopique.
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Q 38. Comment appelle-t-on la grandeur a ? Préciser, en la justifiant, la
dimension de a puis donner un
ordre de grandeur littéral.
Q 39. Évaluer numériquement l'ordre de grandeur du rapport a,/a.,. Conclure sur
l'effet d'antenne que
représente la nanoparticule pour la molécule.
ITTI.B --- Modèle de Drude pour les électrons métalliques de la nanoparticule
Pour rendre compte des propriétés de la nanoparticule, on cherche à exprimer sa
conductivité électrique en
régime sinusoïdal établi. On utilise la représentation complexe en notant les
grandeurs complexes associées aux
grandeurs dépendant sinusoïdalement du temps par des lettres soulignées.
On considère la vitesse d'un électron libre du métal v induite par un champ
électrique oscillant d'amplitude
complexe Es ei"! et on néglige la force magnétique exercée sur un électron.
Pour modéliser les phénomènes
dissipatifs, on introduit une force visqueuse --(m/T)ù où 7 est un temps
caractéristique du métal.
Q 40. Exprimer le vecteur densité volumique de courant 7, en fonction de la
densité volumique n d'électrons
libres du métal, de la charge de l'électron --e et de sa vitesse td.
Q 41. Exprimer la conductivité électrique complexe © en fonction de n, e, EUR,
et w et de la pulsation
| ..2
ne ,
W, = {]---- appelée pulsation plasma.
ME)
Q 42. Montrer que si la constante 7 est « suffisamment » grande, alors la
conductivité © est imaginaire pur.
Quelle est alors la valeur moyenne de la puissance cédée par le champ
électrique dans le métal ?
io
. n définit la constante diélectrique du métal par EUR = 1 -- ----. Exprimer
EUR en fonction de w et de la
Q 43 On définit tante diélectri du métal 1 Expri fonction d t del
WE
pulsation w,, dans le cas où les pertes sont négligeables.
On donne alors l'expression de la polarisabilité de la particule métallique
sphérique de rayon a en fonction de
la constante diélectrique du métal
E -- Î
a = ÀTa® | |
E +2
Q 44. En déduire la condition sur la pulsation du champ pour que la
polarisabilité de la particule métallique
sphérique devienne très grande.
La pulsation résonante pour une particule d'argent sphérique correspond à une
longueur d'onde de 355 nm.
Mais lorsque la forme s'allonge et que la particule devient ellipsoïdale, la
résonance se dédouble et une des deux
résonances (celle correspondant au mouvement d'oscillation électronique suivant
le grand axe de l'ellipsoïde)
est déplacée vers le rouge. Aïnsi à 532 nm pour l'argent, la résonance plasmon
correspond à une nanoparticule
présentant une excentricité de 4.
Données et formulaire
Relations de conjugaison de Descartes et de Newton pour une lentille mince de
distance focale f", de centre
optique ©, de foyer objet F, de foyer image F" et expression du grandissement
algébrique 7, À et À" étant deux
points conjugués appartenant à l'axe optique.
1 1 1
_-- ----==--- F'A FA=---f'°
OA OA J Co
/ D/ / A'B FA FO
= + A = = = --
AB OA AB F'O FA
Constantes physiques
Vitesse de la lumière dans le vide c = 3,00 x 10$ mes !
Constante de Planck h = 6,62 x 10 *% Je
Constante d'Avogadro N 1 = 6,02 x 10** mol |
ee erFINee.e
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